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#Purpose: To download the ucsc ref directory
#Date: 11-14-2012
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use Getopt::Long;

&Getopt::Long::GetOptions(
'BUILD=s' => \$build,
'SAMTOOLS=s' => \$samtools,
'REFDIR=s' => \$refdir
);
if($build eq "" || $samtools eq "" || $refdir eq "")
{

        die "missing arguments\n USAGE : perl perl_get_reference.pl -BUILD <BUILD VERSION : 18/19> -SAMTOOLS <PATH TO SAMTOOLS BIN> -REFDIR <PATH TO UCSC REF FASTA FILES DIR>\n";
}

chomp($refdir);
chomp($build);
chomp($samtools);
print "Input Parameters BUILD :HG$build Samtools_bin : $samtools Refdir : $refdir\n";
unless(-d $refdir)
{
        mkdir $refdir or die "not able create $refdir\n";
}
chdir($refdir);
@array=('1','2','3','4','5','6','7','8','9','10','11','12','13','14','15','16','17','18','19','20','21','22','X','Y','M');
for($i=0;$i<@array;$i++)
{
	print "dealing with chr$array[$i]\n";
        system("wget ftp://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg$build/chromosomes/chr$array[$i].fa.gz");
	system("gunzip chr$array[$i].fa.gz");
	$sys="$samtools faidx chr$array[$i].fa";
	#print $sys."\n";
	system($sys);
}

